【耐性は、種の境界を越えて運ばれる】札幌の大腸菌2,358株と、全国12地域の渡り鳥が示したもの

犬が、飼い主の顔をなめる。
どこにでもある光景だ。そこに何かが受け渡されているとは、ふつう思わない。
2026年7月21日、北海道大学と札幌医科大学が公表した研究成果は、その光景をわずかに違って見せる。
札幌市内の動物病院を通じて集めた、飼い主とペットの菌。両者から採れた大腸菌ST131の遺伝子を比べたところ、違いが10塩基以下しかない例が見つかった。
ほぼ同じ菌である。どちらからどちらへ渡ったのかは、この解析だけではわからない。だが、同じ家の中を、菌が行き来していた可能性は高い。
そしてその大腸菌は、フルオロキノロンという抗菌薬が効きにくい系統だった。
ここで慌てる必要はない。健康な人が体内に持っていても、多くの場合は何も起きない。これは病気の話ではなく、菌が動く経路の話である。
だが、経路がわかれば、対策の場所も変わる。
病院の中だけを見ていては、届かない。人と動物と水と、そして空を渡ってくる鳥まで含めて、ひとつの循環として見る必要がある。
生命圏のメンテナンス。その最初の作業は、境界がどこにもないことを認めるところから始まる。

札幌で集めた2,358株が、示したこと

研究は、地味で、かつ大がかりだった。
北海道大学大学院獣医学研究院・One Healthリサーチセンターの佐藤豊孝准教授らのチームは、2021年から2022年にかけて、札幌市内と近郊で大腸菌を集めた。
集めた先は5つ。病院を受診した患者と健康な人。犬や猫といった伴侶動物。下水処理場。河川水。そして牛、豚、鶏といった家畜。
合計2,358株。重複を除いた235株については、ゲノム全体を読み解いた。
目的は、フルオロキノロン耐性大腸菌、とくに国際的な「ハイリスククローン」と呼ばれるST131という系統が、地域社会の中でどう動いているかを明らかにすることだった。
結果は、予想を裏切る形で出た。
フルオロキノロン耐性を持つ大腸菌の割合は、全体で9.3％。だが、由来別に見ると分布が偏っていた。
最も高かったのは、伴侶動物の約26％。4株に1株の水準である。
次いで、健康な人の約14％。
そして河川水や家畜では、低い値にとどまった。
ここが意外なところだ。抗菌薬の使用といえば、まず畜産が疑われる。世界的にも、家畜への大量投与は耐性菌の温床として長く問題視されてきた。日本のアクションプランも、畜産の抗菌剤削減を目標に掲げている。
だが札幌のデータでは、家畜より、犬と猫のほうが高かった。
理由は、暮らしの近さにあるのだろう。家畜は人と生活空間を共有しない。だが犬と猫は、同じ部屋にいて、同じソファに座り、同じ手で撫でられる。
そして、動物病院でも抗菌薬は使われる。

飼い主とペットの菌が、10塩基しか違わなかった

ST131は、世界中に広がっている大腸菌の系統である。
フルオロキノロン耐性を持ち、薬剤耐性遺伝子や病原因子を多く抱え、世界的なパンデミッククローンとして知られる。尿路感染症や血流感染症の原因になることがある。
今回の研究では、このST131がヒト、伴侶動物、下水から検出された。一方、河川水と家畜からは検出されなかった。
つまりST131は、人と、人のそばで暮らす動物と、人が流した水のあいだを回っている。
ゲノム解析はさらに踏み込んだ。
コアゲノムSNP解析という手法で、菌のDNAをごく細かい単位で比較したところ、ヒト（患者と健康な人の両方）と伴侶動物で共有されている遺伝的集団が、複数見つかった。主要なST131は同じ系統群（Clade C）に属し、その中に複数の下位グループがあった。
そして、動物病院ごとの解析で、決定的な数字が出る。
飼い主とペットから採れたST131株の違いが、10塩基以下。
細菌のゲノムはおよそ500万塩基ある。そのうち10塩基しか違わないというのは、ほぼ同一の菌が、ごく短い時間のうちに両者のあいだを移動したことを意味する。
研究チームは、飼い主とペットのあいだで遺伝的な類似度が最も高かったことから、家庭内での伝播が起きていると結論づけた。
そして重要なのは、どちらも症状が出ていないことだ。
症状のないまま、菌は運ばれる。人から人へ、人から動物へ、動物から人へ。市中で、無症状の伝播が起きている——研究はそう示唆する。
論文は2026年6月23日、米国微生物学会の学術誌『Antimicrobial Agents and Chemotherapy』に掲載された。筆頭著者は、研究当時、北海道大学大学院国際感染症学院の博士課程に在籍していた前田愛子氏である。

渡り鳥の糞から、日本で使わない薬の耐性遺伝子

もう一方の研究は、視野がさらに広い。
国立環境研究所生物多様性領域の鍋島圭研究員と大沼学副領域長は、日本に飛来する冬の渡り鳥に注目した。
2021年から2023年にかけての2つの冬。北海道、秋田、宮城、埼玉、滋賀、和歌山、鳥取、広島、徳島、長崎、鹿児島、沖縄——全国12地域で、渡り鳥の糞便2,400検体を採取した。
糞のDNAから鳥の種類を特定すると、マガモ、オナガガモ、コガモ、ヒドリガモといったカモ類が多く、北海道ではコハクチョウも含まれていた。
そして、糞に含まれる薬剤耐性遺伝子（ARG）を網羅的に調べた。
24のプールすべてから、ARGが見つかった。その数は、1プールあたり137種類から676種類。
セファロスポリン系、マクロライド系、テトラサイクリン系、ペニシリン系、サルファ剤／トリメトプリム、コリスチン、クロラムフェニコール。日常的な抗菌薬に関連する遺伝子が、幅広く検出された。
注目すべきは、その先である。
メロペネム関連のARGが11プール、チゲサイクリン関連が9プールから見つかった。
この2つは、重症の感染症に使う「最後の砦」に近い薬であり、国内の畜産では通常使われない。
研究チームは、こうした遺伝子の一部について、渡り鳥が国外の生息地や中継地で取り込み、日本へ運んできた可能性を指摘している。
鳥は国境を知らない。シベリアで越夏し、日本で越冬し、また北へ帰る。その体内を、遺伝子が乗って移動する。
論文は2026年6月17日、学術誌『One Health Outlook』に掲載された。タイトルは「冬の渡り鳥は多様な薬剤耐性遺伝子を日本へ運んでいる可能性がある」。
タイトルに「可能性がある（may）」と入っていることが、この研究の誠実さを示している。

「遺伝子がある」と「病気になる」は、別である

ここで、慎重に線を引いておく必要がある。
国立環境研究所は、発表の中で明確な注意書きを添えている。
本研究で検出したARGは、DNA配列としてのARGであり、①その遺伝子を持つ細菌が生きているか、②実際に抗菌薬に耐性を示すか、③どの細菌種や可動性遺伝因子がARGを保持しているか、④人や家畜への感染リスクがあるか、を直接示すものではない——。
別の箇所では、耐性菌の生存や感染リスク、ARGが国外由来であることを直接証明するものではない、とも書かれている。
これは、研究の価値を下げる但し書きではない。むしろ逆だ。
DNAの断片が見つかることと、生きた菌がいることは違う。生きた菌がいることと、その菌が実際に薬に耐性を示すことも違う。さらに、それが人に感染して病気を起こすかどうかは、また別の問題である。
科学は、この4つの段階を混ぜない。
だが、報道や日常の会話では、しばしば混ざる。「渡り鳥が耐性菌を運んでくる」という見出しは刺激的だが、正確ではない。
今回わかったのは、耐性に関わる遺伝子が、想像以上に広く、多様に、環境中を巡っているということだ。
それは警報ではなく、地図である。
どこに何があるかがわかれば、次にどこを見張るべきかが決まる。渡り鳥の糞は、遠い場所の抗菌薬の使われ方を映す鏡になりうる。
札幌の研究も同じである。飼い主とペットの菌が似ていたからといって、ペットが危険だという話ではない。
健康な人の約14％からフルオロキノロン耐性大腸菌が見つかったということは、多くの人が持っていても何も起きていない、ということでもある。
問題が起きるのは、体力が落ちたとき、手術を受けるとき、高齢になったとき。そのときに効く薬が残っているかどうかが、勝負になる。

境界は、はじめから引かれていなかった

2つの研究を並べると、One Healthという言葉の意味が具体的になる。
人の医療、獣医療、環境科学。これらは長らく別々の学問だった。省庁も違う。予算も違う。学会も違う。
だが菌と遺伝子は、その区分を知らない。
人が飲んだ抗菌薬は、代謝されて尿になり、下水へ流れる。下水処理場では、多様な菌が濃縮される。処理水は川へ出る。川には鳥が降りる。鳥は海を越える。
一方で、動物病院で処方された薬は、犬や猫の腸内で耐性菌を選び出す。その菌は家庭に持ち帰られ、飼い主と共有される。飼い主が病院にかかれば、菌は医療の場へ入る。
円は閉じている。
今回、ST131が河川水と家畜から検出されなかったことも示唆的だ。この系統は、人とその生活圏に強く結びついている。逆に言えば、対策を打つべき場所がはっきりしている。
病院の中だけでもない。畜産の現場だけでもない。家庭と動物病院という、これまで見過ごされてきた接点である。
研究チームは、One Healthの視点から、地域・家庭レベルでの感染対策と適切な抗菌薬の使用を進めることが重要だと結論している。
特別なことは求められていない。動物病院での適切な処方と感染対策。ペットに触れたあとの手洗い。そして、人の側での抗菌薬の適正使用。
日本のアクションプランが掲げる、経口フルオロキノロン30％削減という目標も、この文脈で読み直せる。
使う量を減らすことは、耐性菌が生き残る土俵を狭めることだ。人の側で減らし、動物の側でも減らす。両方をやらなければ、円は閉じたまま回り続ける。

メンテナンスの対象は、生命圏そのもの

抗菌薬は、20世紀最大の発明のひとつである。
ペニシリンが実用化されて80年あまり。感染症で人が簡単に死ななくなった世界を、私たちは当たり前だと思っている。
だがGRAM研究の予測は、その前提が崩れつつあることを告げる。2050年、薬剤耐性が直接の原因となる死者は年間191万人。70歳以上では、いまよりさらに146％増える。
高齢化が進む日本にとって、これは他人事ではない。
薬剤耐性は、気候変動と似た構造を持っている。
原因は分散している。誰か一人の行為が決定的なのではなく、無数の小さな判断の積み重ねが結果を生む。効果が現れるまでに時間がかかる。そして、いったん広がったものを引き戻すのは、極めて難しい。
違いは、可視性だ。気温は測れる。海面は見える。だが耐性菌は見えない。
だからこそ、測る仕組みが要る。
札幌の2,358株。全国12地域の2,400検体。地味な採取と、膨大な解析。この積み重ねが、見えないものを地図に変える。
そして地図があれば、手を入れる場所が決まる。
自然を守ることが経済を守ることにつながる、という言い方がある。同じように、動物の健康を守ることが人の健康を守ることにつながる。水を守ることが薬の効き目を守ることにつながる。
人、動物、環境。三つは別々に最適化できない。ひとつの系である。
地球をメンテナンスするという言葉が指すのは、風景や資源だけではない。目に見えない微生物の生態系まで含めた、生命圏そのものだ。
犬が飼い主の顔をなめる。その光景を、恐れる必要はない。
ただ、そこに何が行き来しているのかを知っておくこと。知ったうえで、手を洗い、薬を必要な分だけ使うことだ。

【参考】

北海道大学：
地域社会の中で広がる薬剤耐性大腸菌パンデミッククローンの拡散動態を解明～ヒトとペット間での家庭内伝播を含め、地域から世界的な流行への繋がりを明らかに～（2026年7月21日）
https://www.hokudai.ac.jp/news/2026/07/post-2363.html

札幌医科大学：【北海道大学・札幌医科大学・酪農学園大学等の研究成果】地域社会の中で広がる薬剤耐性大腸菌パンデミッククローンの拡散動態を解明
https://web.sapmed.ac.jp/jp/news/press/cg9o0200000011r1.html

Antimicrobial Agents and Chemotherapy：A community-based One Health approach to the pandemic dynamics of Escherichia coli ST131
https://doi.org/10.1128/aac.00007-26

国立環境研究所：日本に飛来する冬の渡り鳥の糞便から多様な薬剤耐性遺伝子を検出—渡り鳥による長距離拡散の可能性と監視の重要性を示唆—（2026年7月17日）
https://www.nies.go.jp/pr/news-and-updates/2026/Press20260717.html

One Health Outlook：Winter migratory birds may carry diverse antimicrobial resistance genes into Japan
https://link.springer.com/article/10.1186/s42522-026-00223-6

厚生労働省：薬剤耐性（AMR）対策アクションプラン2023-2027
https://www.mhlw.go.jp/content/10900000/ap_honbun.pdf

FAQ

Q. 薬剤耐性（AMR）とは何ですか？
A. 細菌などの微生物が、それまで効いていた抗菌薬に対して抵抗力を持つようになる現象である。耐性を持つ菌が増えると、感染症の治療が難しくなる。医学誌『ランセット』のGRAM研究によれば、2021年に薬剤耐性が直接の原因となった死者は世界で114万人、関連する死者は471万人にのぼる。

Q. 「One Health（ワンヘルス）」とはどういう考え方ですか？
A. 人の健康、動物の健康、環境の健康を切り離さず、ひとつの系として捉える考え方である。薬剤耐性のように、菌や遺伝子が人と動物と環境のあいだを行き来する問題では、どれか一つだけを対策しても効果が限られるため、この視点が重要になる。

Q. 北海道大学らの研究は、何を調べたのですか？
A. 2021〜2022年に札幌市内・近郊で、ヒト、伴侶動物（犬・猫）、下水、河川水、家畜から大腸菌2,358株を集め、うち重複を除く235株のゲノム全体を解析した。フルオロキノロン耐性大腸菌、とくに国際的なハイリスククローンST131が地域社会でどう広がっているかを明らかにすることが目的である。

Q. なぜ家畜より伴侶動物のほうが耐性率が高かったのですか？
A. 研究はその理由を断定していないが、暮らしの近さが関係すると考えられる。フルオロキノロン耐性大腸菌の割合は伴侶動物で約26％、健康な人で約14％、河川水や家畜では低かった。犬や猫は人と同じ生活空間を共有し、動物病院でも抗菌薬が使われる。

Q. 「10塩基以下の違い」とは、どういう意味ですか？
A. 細菌のゲノムはおよそ500万塩基ある。飼い主とペットから採れたST131株の違いが10塩基以下だったということは、ほぼ同一の菌が短期間のうちに両者のあいだを移動したことを示す。研究チームはこれを家庭内伝播の根拠としている。

Q. ペットを飼うのは危険なのですか？
A. そうではない。健康な人の約14％からもフルオロキノロン耐性大腸菌は見つかっており、持っていても多くの場合は症状が出ない。求められているのは、動物病院での適切な処方と感染対策、ペットに触れたあとの手洗い、そして人と動物の双方における抗菌薬の適正使用である。

Q. 渡り鳥の研究では何がわかったのですか？
A. 国立環境研究所が2021〜2023年の冬、全国12地域で渡り鳥の糞便2,400検体を調べたところ、24プールすべてから薬剤耐性遺伝子が検出された。その数は1プールあたり137〜676種類。国内の畜産では通常使われないメロペネムやチゲサイクリンに関連する遺伝子も含まれており、一部は国外で取り込まれた可能性が指摘されている。

Q. 渡り鳥が耐性菌を運んでくる、ということですか？
A. そこまでは言えない。国立環境研究所は、検出されたのはDNA配列としての遺伝子であり、その遺伝子を持つ細菌が生きているか、実際に抗菌薬に耐性を示すか、どの細菌が保持しているか、人や家畜への感染リスクがあるかを直接示すものではない、と明記している。遺伝子が見つかることと、感染症が起きることは別の段階である。

Q. 日本の対策はどうなっていますか？
A. 「薬剤耐性（AMR）対策アクションプラン2023-2027」が、普及啓発・教育、動向調査・監視、感染予防・管理、抗微生物剤の適正使用、研究開発・創薬、国際協力の6分野で進められている。経口フルオロキノロンは2020年の水準から2027年までに30％削減、畜産の動物用抗菌剤は15％削減が目標に掲げられている。

Q. 個人にできることはありますか？
A. 処方された抗菌薬を、指示どおりの量と期間で使い切ること。風邪などウイルス性の症状に抗菌薬を求めないこと。ペットに触れたあとは手を洗うこと。動物病院や医療機関の感染対策に協力すること。いずれも小さな行動だが、耐性菌が広がる土俵を狭めることにつながる。

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